Λόγω της δραματικής αύξησης της συχνότητας του πρωκτικού καρκίνου σχετιζόμενου με HPV λοίμωξη αναδεικνύεται πλέον η σημαντική συμβολή του προληπτικού ελέγχου με την λήψη επιχρίσματος πρωκτικού βλεννογόνου για μελέτη με χρώση Παπανικολάου και ανίχνευση DNA του ιού HPV. Ομάδες υψηλού κινδύνου που επιβάλλεται να υποβάλλονται σε περιοδικό έλεγχο είναι:

  1. Ασθενείς με HIV λοίμωξη
  2. Ομοφυλόφιλοι
  3. Ανοσοκατασταλμένοι
  4. Ασθενείς με γνωστή HPV λοίμωξη σε άλλο σημείο του ουρογεννητικού συστήματος (κονδυλώματα)

Στις ομάδες υψηλού κινδύνου ο προληπτικός έλεγχος πρέπει να γίνεται κάθε 2 χρόνια και σε ασθενείς με διαπιστωμένη ενδοεπιθηλιακή βλάβη (ASCUS,LSIL, HSIL) κάθε χρόνο.